A pesar de ser independientes, existe una estrecha relación entre ambos órganos. De acuerdo con el Estatuto, el Consejo de Seguridad puede remitir situaciones a la CPI, como ocurrió en Sudán en el 2005, y solicitar la suspensión temporal de su competencia para investigar ciertos casos.

Este último punto ha causado controversia debido a
que en el 2002, el Consejo emitió la Resolución 1422, por medio de la cual se otorgaba inmunidad frente a la CPI a los soldados cuyos países no eran parte del Estatuto y que participasen en operaciones de paz o autorizadas por el Consejo de Seguridad. En junio de 2003 dicha Resolución
fue prorrogada por 1 año mediante la Resolución 1487.

Luego de intensos debates a mediados de 2004, esta Resolución no fue puesta a consideración del Consejo de Seguridad para una nueva prórroga puesto que no había el quórum necesario para su aprobación. Desde esa fecha, no se han vuelto a formular este tipo de peticiones.

Estas Resoluciones obedecieron a la solicitud de países que no son parte del Estatuto de Roma y que se mostraban reticentes en seguir enviando a sus agentes en estas operaciones si no se les garantizaba inmunidad frente a la CPI.