La CPI es un organismo internacional con personalidad jurídica propia. Este tribunal tiene como principales órganos una Secretaría, una Fiscalía y los Magistrados de la Corte. Estos están divididos en tres salas: la Sala de Cuestiones Preliminares, la Sala de Juzgamiento y la Sala de Apelaciones.

El órgano rector del Estatuto lo constituye la Asamblea de los Estados Parte. Esta tiene como función supervisar el trabajo de la Corte y la de sus funcionarios; reformar el Estatuto así como agregar nuevos crímenes; elaborar las «Reglas de Procedimiento y Prueba» y tomar decisiones en cuanto al presupuesto.

Los distintos órganos que componen la Corte son autónomos y ni los Estados ni la Asamblea pueden interferir en las funciones judiciales.